La Universidad Anáhuac surge en 1964, como una pieza fundamental dentro del proyecto educativo de los Legionarios de Cristo y del fundador de la congregación, el Padre Marcial Maciel L.C.

Con el objetivo primordial de elevar la condición humana y social de los hombres y mujeres de México mediante una formación integral, la Universidad Anáhuac inicia sus actividades en aquel año, en una casa ubicada en Lomas Virreyes y contando apenas con cuarenta y ocho alumnos en dos carreras: Administración de Empresas y Economía. Bajo la rectoría del padre Faustino Pardo L.C., en los siguientes años abre: Psicología y Ciencias Humanas en 1965, y Arquitectura y Derecho en 1966. Paralelamente, y gracias al apoyo de distinguidos hombres de empresa mexicanos, se inicia la construcción de las nuevas instalaciones en Lomas Anáhuac.

1968 es un año especialmente significativo. Durante el mismo, no solo se gradúa la primera generación de egresados Anáhuac, sino que también se inaugura el nuevo campus el día 4 de junio. Con base en esos años de esfuerzo y confianza en el futuro se consolidó la Universidad Anáhuac, hoy reconocida como una de las instituciones privadas de educación superior de más prestigio en el país.

El Gobierno de la República reconoció este hecho otorgándole desde 1981 el Derecho de Autonomía y Validez Oficial de Estudios.

En 2006 la Secretaría de Educación Pública (SEP) otorgó el reconocimiento a la Universidad Anáhuac como Institución de Excelencia Académica, avalando su calidad académica y reafirmando su compromiso con la formación de líderes de acción positiva.